アプリ毎にフォントを変更できるXposedモジュール、Fonterが公開されました。
システムフォントを直接置き換える機能もあり、
Samsung端末、OnePlus One、Xiaomi端末などFlipfontやテーマで変更できる端末にも対応しています。
FonterはXposed Module Repositoryでダウンロードできます。
有効にして再起動し、Fonterを起動するとこのような画面になります。

フォントをダウンロードすることもできるようですが、
ほとんどの日本語フォントはライセンス的に駄目だと思うのでやめておいたほうがいいでしょう。
(例えばEPSONフォントはEPSONプリンタを使う目的でないと規約違反です)
左上のFonterをタップしてメニューを出し、SETTINGSをタップします。

Auto kill running appにチェックを入れると、フォントを変更した後
アプリを自動終了して、変更したフォントがすぐ反映されるようにできます。
変更したいフォントを配置するフォルダの場所はCustom font folderで指定します。
デフォルトでは/sdcard/fonter/fontsになっています。

ファイルマネージャーなどで変更したいフォントをCustom font folderで指定したフォルダに入れた後、
メニューを開きChange app fontをタップします。
インストールしているアプリの一覧が表示されるので、フォントを変更したいアプリを選びます。
アプリが多いと全て表示されないので、その場合はリストの最後に書いてある中国語 (おそらくshow moreのような意味)をタップします。

右上のボタンをONにしたあと、CHOOSE FONTでフォントを選びます。

Custom font folderで指定したフォルダに入れてあるフォントがプレビュー表示されます。
フォントを選ぶとすぐ反映されます。(Auto kill running appにチェックが入っている場合)

システムのフォントを直接置き換えるのは、ダウンロードしたフォントでないとできないのか
Custom font folderで指定したフォルダのフォントで変える方法がわかりませんでした。
変更できるアプリの数は5個までになっていて、有料のポイントを購入することで数を増やせます。