Xperiaユーザーにはおなじみ、Flashtoolが0.9.18.5.0に更新されました。
このバージョンでは少しお節介な仕様変更があるので、注意が必要です。
Flashtool 0.9.18.5.0をインストールしたあと起動しようとすると、
下の画像のように
「Please move C:\Flashtool\firmwares content to C:\Users\*****\.flashTool\firmwares」
といったポップアップが出てきます。

これは、0.9.18.5.0からはマルチユーザー環境でも
それぞれの設定やFTFを分けて保管できるようにするため、
Flashtoolのフォルダ直下ではなくユーザー毎のフォルダにファイルを保存するようになったためです。
フォルダは自分で移動しないといけません。(自動で移動してくれればいいのですが…)
最初のパスが元の場所で、後に出てくるパスが移動先の場所です。
firmwaresフォルダと、customフォルダ内のmydevicesフォルダの中身を
ポップアップに出ている場所に移動してください。
元の場所にフォルダが残っていると移動していないと見なされるので、
必ず元の場所のフォルダは削除するか名前を変えてください。
最終的には
C:\Users\*****\.flashTool
│
├[devices] │
├[firmwares] │ ├保存している.ftf
│ │
│ ├[Downloads] │ ├ダウンロードしたFTFの素ファイル
│ │
│ ├[prepared] │ │
│ ├[sinExtracted] │
│
├[registeredDevices] │ │
│ ├[CB5A4242QZ] ←mydevicesフォルダの中身
│ │├ulcode.txt
│
のようになります。
ただ、SSDを使っていてプロファイルもSSDにおいている、
というような時には大量のFTFはおいていては容量を取ってしまうため、
ユーザー毎のフォルダに移動されては困ってしまいます。
そんな場合は、シンボリックリンクを使うと好きな場所に変更できます。
シンボリックリンクの名前をfirmwaresなどに変更すると
フォルダを移動したと認識され、FTFも通常通りに焼けます。
シンボリックリンクはコマンドやExplzhなどのアプリで作成できます。
それぞれ使い方が異なるので、詳しくは検索してください。
なお、次のバージョンでは場所を変更するオプションを追加するそうです。
0.9.18.5.0に更新しないとFTFを焼けない、ということはないので、
面倒だという人は更新せず次のバージョンを待った方が良いかもしれません。